庆元县于南宋庆元三年(1197)设置。历代行政机关,宋至清称县衙、县署;中华民国称县公署、县政府;中华人民共和国成立历称县人民委员会、县革命委员会、县人民政府。其主管官员,宋称县令,元称达鲁花赤,明称知县,清称知事;中华民国前期称民事长、知事,16年起称县长;中华人民共和国成立后,除县革命委员会时期称主任外,均称县长。
宋
设县令1名,县丞1名,县尉1名。
元
设达鲁茶花赤1名(或县尹1名),主簿,教谕,典史各1名。
明
设知县1名,主簿,县丞、典史、教谕、训导各1名。洪武三年(1370)撤知县改设巡检司。十四年撤巡检司复设知县,并增设县丞1名。嘉靖七年(1528)撤主簿,隆庆元年(1567)撤县丞。
清
设知事1名,典史、教谕、训导各1名,并置吏、户、礼、刑、学、兵、工司吏各1名,另设铺长、承发、典吏各1名,医学训科、阴阳学术、僧会司会、道会司会各1名,雍正二年(1724)增农官1名。